由于各国的禀赋有差异，资源存在约束，因此在各个领域的投资会产生不同的效果。上世纪90年代以来的发展实践表明，世界各国R&D(研究与开发)投资的一个重要特征就是重点投资最有希望在国际竞争中领先的产业部门，特别是能够产生重大技术突破、进而获得产业发展带动作用的部门。例如，美国在制定国家R&D投资政策时，其投资领域主要集中在通讯设备、航空与航天、计算机与软件、电子元件、科学仪器、新型材料这七个产业之中。我国也应该在制定科技创新政策时有选择性地支持重点行业和重点企业，特别是关系到国家未来发展的高技术行业和战略行业。
从国际科技竞争的形势和我国的具体情况来看，我国当前的重点发展方向应是航空航天、生物技术、信息通信、新材料、先进制造技术以及新型能源领域，这些大都是能够以点带面、产生重大连带效应的高新技术领域，其中有些是我们已具备比较雄厚的实力，有能力通过进一步发展参与国际竞争的，有一些则是属于国家战略和国防安全的核心领域，如果没有一定的实力则容易在国际事务中受制于人。
研究表明，我国目前在创新活动组织、创新资源配置和创新制度供给方面尚缺乏有效的宏观调控及战略协同机制。一个突出表现就是存在军民两大研发及产业体系，并且二者长期处于分离状态。一些重要的研究开发活动往往在军民两个创新体系间重复进行，造成了R&D资源的浪费。因此，在我国相对实力强大的国防科技研究体系中建立寓军于民的科技创新体制，是完善国家创新体系的重要举措。
加大R&D投资力度，适当向基础研究倾斜
经过改革开放20多年的发展，我国的科技创新不论是从能力上还是体制上都有了很大的发展，生物、纳米、航天等重要领域的研究开发能力已跻身世界先进水平，科技人力资源总量已达3850万人，研发人员总数达109万人年，分别居世界第一和第二位。作为一个发展中国家，虽然我国每年进行科技投资的绝对数不断攀升，在发展中国家中处于领先，但R&D经费强度即R&D经费占GDP的比重却仍然只有1.34%。根据工业发达国家的科技发展规律及经验，国家或地区的研发密集度超过2%，并且持续保持20年以上时，其科技创新能力才会出现根本性变化，才有可能成为全球先进技术的创新者。经过多年的快速发展，我国的整体实力已大大增强，体制方面已形成了比较完整的科学研究与技术开发体系，同时已具备大规模制造能力和产业配套条件。这意味着巨额研发费用可以被有效分摊，使自主创新具有成本上的可行性，研发投资的回收更有保障，一旦国内企业在核心技术上有突破，就有现成的产业链支撑其产业化和市场化过程。此外，我国巨大的国内市场也可为消化研究成果提供强有力的后盾。这些都促使我们应该加大R&D投资的力度和规模。
基础研究是我们比较薄弱的部分。要真正参与国际竞争并且处于优势地位，必须依靠新技术的优势，而新技术的发现只有靠大规模的持续性的基础科学研究才有可能。过去50年间，正是美国政府投入大量科技资金进行以基础研究为主的国防技术研究，才使得美国在半导体、计算机、软件、生物技术和互联网等领域成为全球的技术领袖。我们已经意识到这个问题，实行了国家“973”等支持重大基础科学研究的计划项目，但总体来说，我国对于基础研究的投入与发达国家相比仍然存在很大差距。充分利用我国目前经济社会良性发展的有利条件，适当加大基础研究的投入，已是当务之急。
调整企业科技创新政策，鼓励企业自主创新
我们目前面临的一个尖锐问题是缺乏作为创新主体的企业，整体创新能力不足。具体表现在：首先，企业自主创新能力不足，核心技术往往受制于人；其次，引进技术消化再创新能力薄弱，引进技术没有很好地与自主创新和提高产业竞争力结合起来；第三，企业自主创新主体的地位没有确立，高等学校、科研院所的研究能力没有得到很好发挥，未能形成以企业为主体、产学研结合的科技创新体系。当前应从以下面方面着手解决这些问题：
第一，转变和改进政府职能，健全有利于科技创新投资的制度体系。这其中包括建立与创新直接相关的技术标准、风险投资管理制度、知识产权制度、奖励制度、评价监督体系、科技咨询服务体系、税收制度以及与创新间接相关的政府补贴制度、分配制度、政府采购制度等。
第二，建立有效的科技创新激励机制，完善企业自主创新的动力机制。应制定保护企业家利润动机的机制和规则，完善企业的产权机制和法人治理机制，促进企业通过自主创新做强做大并实现可持续发展。
第三，加紧建设科技创新中介服务体系，促进创新投资与技术提供主体之间的交流与合作。良好的中介服务体系有利于保证创新投资主体、企业和科研机构之间信息畅通，有效达成战略合作关系。
第四，加快建设多层次、多元化的资本市场，完善风险投资机制。必须花大力气，着力推进资本市场的发展与创新，建立一个体系完整、机制完善的符合社会主义市场经济体制要求的资本市场，促进科技创新投融资市场的繁荣与发展
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